Складской учет предшествует учету бухгалтерскому, которому поставляет данные о составе и стоимости материально-производственных запасов. Складской учет отличается от бухгалтерского тем, что совмещает в себе принципы и технологии финансового и оперативного учета. Если финансовый учет является главной составной частью бухгалтерского учета, то оперативный «противостоит» ему. Некоторые специалисты по этой причине находят оперативный учет излишним, не нужным для производства.(См.: Медведев М.Ю. Теория бухгалтерского учета.  М., 2007. стр. 15) Если для машинного производства (но не сельскохозяйственного!) и коммерции такой критический подход и оправдан отчасти, то в отношении складского хозяйства подобная позиция абсурдна.
Существует множество учетных объектов, к которым мало применима стоимостная оценка, каковой исключительно и оперирует бухучет. Есть важные для складского дела параметры учетных объектов, не имеющие стоимостной оценки совершенно: бухгалтер лишен возможности выразить через финансовые величины численность складского персонала, движение потоков сырья и готовой продукции, различительные свойства хранящихся материалов и изделий (такие как способы упаковки, цвет, сроки хранения и т. д.).(Палий В.Ф. Основы калькулирования.  М., 1980. стр. 134) Однако в ряде случаев именно такие, нефинансовые параметры, играют исключительно важную роль. Так цвет тары под химически опасные вещества нельзя выразить в бухучете, однако цвет – ключевой момент, поскольку именно он по традиции служит опознавательным знаком для работников, имеющих дело с химикалиями.

Принципиальное отличие бухгалтерской службы от иных подразделений состоит в том, что на ней этот кругооборот замыкается – сюда стекаются разнообразные документы складского учета, формирующие базу первичной документации предприятия (см. рекомендуемую схему на рис. 6(По: Bondar G.H., Hopewood W.S. Accounting Information Systems. – New Jersey, 1995. Р. 259-261)).
С точки зрения разделения складского и бухгалтерского учета учет материальных ценностей может вестись двумя способами – сортовым и партионным. Каждый из них включает в себя несколько разных методов.

Сортовой способ учета. Сортовой способ учета на складах применяется в том случае, если хранение материальных ценностей организовано по наименованию и сортам без учета времени поступления и цены их приобретения. Данный способ включает в себя количественно-суммовой и сальдовый методы.
Количественно-суммовой метод состоит в том, что на складах и в бухгалтерии компании организуется одновременно количественный и суммовой учет по номенклатурным номерам ценностей. Возможны два варианта количественно-суммового метода. При первом варианте на складе ведется лишь количественный учет. Первичная документация по движению материальных ценностей сдается в бухгалтерскую службу. В карточках складского учета выводятся обороты за месяц и остатки на начало следующего периода, что позволяет составить оборотные ведомости по каждому складу. По итогам оборотных ведомостей складского хозяйства в бухгалтерии составляется сводная оборотная ведомость в целом по всем складам.
В случае с вторым вариантом количественно-суммового метода бухгалтерией не используются карточки, но имеет место группировка приходных и расходных документов по номенклатурным номерам, на основании чего производится подсчет итоговых данных за месяц (по приходу и расходу). Эти итоги заносятся в оборотные ведомости с последующим составлением сводной оборотной ведомости и сверкой ее данных с данными карточек складского учета.

Сальдовый метод отличается от количественно-суммового тем, что при нем на складах организуется только количественный учет по видам ценностей (номенклатурным номерам), а в бухгалтерии ведется только суммовой учет в денежном выражении. При сальдовом методе учета на складах ведется количественный учет в карточках или в книгах складского учета на основании первичных документов. По окончании отчетного периода первичные документы по движению материальных ценностей сдаются в бухгалтерию.
Количественные остатки материальных ценностей на основании карточек или книг складского учета по каждому номенклатурному номеру показано переносить в сальдовую ведомость или книгу завскладом (вариант – сотрудником бухгалтерии). На основании итогов сальдовых ведомостей составляется сводная сальдовая ведомость по группам материалов, субсчетам и синтетическим счетам учета материальных ценностей, а также сводная – по складу в целом. Информация из сальдовых ведомостей и сводной сальдовой ведомости ежемесячно сверяются с данными синтетического учета.
Допустимо применять в компании одновременно оба метода, если в одних складах учет выгоднее организовать с применением оборотных ведомостей, а в других – с применением сальдовых ведомостей.

Партионный способ учета. При партионном способе складской учет ведется в таком же порядке, как и при сортовом, но отдельно по каждой партии материальных ценностей. Применение этого способа должно осуществляться одновременно и на складе, и в бухгалтерии, поскольку в противном случае возникнет несогласование между данными складского и бухгалтерского учета.
Напомним, что партией в складском деле называется однородный товар, поступивший по одному транспортному документу.(Товары, поступившие одним видом транспорта (в одной автоколонне, железнодорожном вагоне, судне, барже), независимо от количества транспортных документов, а также товары одного наименования, поступившие одновременно по нескольким транспортным документам одного поставщика без расхождений по количеству и качеству допускается считать одной партией. См.: Базарова А.С. Организация складского учета. – ЗАО «BKR-Интерком – Аудит» 2005.) При партионном способе учета каждая партия ТМЦ на складе хранится отдельно и регистрируется в журнале поступающих материальных ценностей, причем порядковый номер регистрации служит номером данной партии и впоследствии указывается в расходных документах рядом с наименованием материалов/изделий, отпущенных из данной партии.
На каждую партию заводится партионная карта в двух экземплярах, один из которых нужен для склада, второй – для бухгалтерии. После полного отпуска со склада ценностей из данной партии ее партионная карта закрывается, а по факту израсходования материальных ценностей конкретной партии составляется соответствующий акт, который подписывается завскладом. Акт и карта передаются в бухгалтерию на проверку.
Партионный учет полезен тем, что позволяет определить результаты расходования партии без проведения инвентаризации, за счет чего усиливается контроль над сохранностью ценностей, а это в немалой степени предотвращает возможные потери. К сожалению, при таком способе учета трудно использовать складскую площадь рационально, а также отсутствует возможность оперативного управления запасами. Вот почему выбор в пользу того или иного способа складского учета делается исходя из расчетов потенциальных пустых расходов – выбирается тот способ, при котором в конкретном хозяйстве финансовые потери окажутся минимальны и будут с избытком покрыты доходами от применения выбранного способа.